O Subprograma de Territórios Indígenas, coordenado pelo Programa REM Mato Grosso,  com apoio da Federação dos Povos e Organizações Indígenas de Mato Grosso (FEPOIMT), busca valorizar o modo de vida tradicional e sustentável dos povos indígenas. Ele garante estrutura para que os recursos do REM MT possam integrar, articular e fortalecer as contribuições dos povos para a adaptação às mudanças do clima com base em seus sistemas de conhecimento tradicional e de gestão autossustentável de recursos naturais.

Seus principais objetivos são:

•  Garantir condições para que os povos indígenas de Mato Grosso sejam protagonistas em suas contribuições para o alcance dos objetivos do Programa REM MT na mitigação de mudanças do clima, por meio do apoio a ações e projetos de redução de emissões do desmatamento e degradação florestal ou de conservação e recuperação dos estoques de carbono e dos demais serviços ambientais;
• Identificar, promover e garantir os direitos originários de cada povo indígena, analisando se esses direitos já estão na Constituição brasileira, fortalecendo as comunidades e organizações indígenas para que elas identifiquem e fomentem suas potencialidades tradicionais e contemporâneas, promovendo o bem-estar coletivo e respeitando as especificidades e a autonomia de cada povo;
•  Proteger e fortalecer os patrimônios indígenas (materiais e imateriais), os valores culturais e espirituais, o conhecimento tradicional, os sistemas e práticas de gestão de recursos naturais e econômicos, ocupações e modos de vida, a infraestrutura nas aldeias, bem como suas organizações sociais próprias e seu bem-estar social;
• Fortalecer, empoderar e garantir financiamento às organizações representativas dos povos indígenas para seu envolvimento contínuo e participação efetiva no desenho e implementação de políticas municipais, estaduais, nacionais e internacionais que possam vir a afetá-los;
• Aumentar a representatividade por meio da qualificação para as atuações de lideranças tradicionais e de organizações e associações de mulheres e jovens indígenas, criando oportunidades para a integração harmônica entre mulheres e homens e entre gerações, para a melhoria de sua qualidade de vida e para a constituição plural do movimento indígena.